Microbioma urinario y su relación en las infecciones del tracto urinario  
Iván Andrés Lindo-Barrozo  
Andrea Catalina Parra Rosero  
Volumen: 18  
Número: 1  
Año: 2026  
Recepción: 14/09/2025  
Aprobado: 03/12/2025  
Artículo original  
Microbioma urinario y su relación en las infecciones del tracto urinario  
Urinary microbiome and its relationship with urinary tract infections  
Iván Andrés Lindo-Barrozo1 (ilindo1271@uta.edu.ec) (https://orcid.org/0009-0009-0908-  
9340)  
Andrea Catalina Parra Rosero2 (ac.parra@uta.edu.ec) (https://orcid.org/0000-0001-  
6262-3682)  
Resumen  
El microbioma urinario cumple un papel central en la fisiopatología de las infecciones  
del tracto urinario, ya que su equilibrio actúa como barrera natural frente a la  
colonización por patógenos y su alteración se asocia con cuadros recurrentes y mayor  
susceptibilidad a infecciones. Este artículo tiene como objetivo realizar una revisión  
sistemática cualitativa de estudios publicados entre 2020-2025 en PubMed, Scopus y  
Web of Science, que evaluaron la composición del microbioma urinario, sus cambios  
en presencia de infección y sus implicaciones clínicas. Se identificaron 28 artículos que  
cumplieron los criterios de inclusión. Los estudios muestran que el tracto urinario  
alberga comunidades microbianas complejas, con predominio de géneros como  
Lactobacillus, Corynebacterium y Streptococcus en sujetos sanos, mientras que en  
pacientes con infecciones recurrentes se observa disbiosis, pérdida de especies  
protectoras y aumento de bacterias oportunistas como Escherichia coli, Enterococcus y  
Klebsiella, así como una menor diversidad microbiana. Se describe un eje intestino–  
vejiga mediante el cual la microbiota intestinal puede actuar como reservorio de cepas  
uropatógenas. La integración de técnicas de secuenciación de nueva generación y  
cultivos ampliados mejora la caracterización del microbioma urinario y permite  
diferenciar disbiosis de infección activa. En conclusión, la evidencia respalda al  
microbioma urinario como componente clave en las infecciones urinarias y plantea  
nuevas estrategias diagnósticas y terapéuticas dirigidas a restaurar el equilibrio  
microbiano, como el uso de probióticos y otros abordajes ecológicos, aunque se  
requieren estudios clínicos controlados que validen su eficacia y definan su aplicación  
en la práctica médica.  
Palabras clave: microbioma urinario, infecciones del tracto urinario, disbiosis,  
probióticos, urobioma.  
Abstract  
The urinary microbiome plays a central role in the pathophysiology of urinary tract  
infections, as its balance acts as a natural barrier against colonization by pathogens,  
and its alterations (dysbiosis) are associated with recurrent infections and increased  
susceptibility to infection. A qualitative systematic review was conducted of studies  
published between 2020 and 2025 in PubMed, Scopus, and Web of Science, which  
1 Interno de Medicina. Universidad Técnica de Ambato. Ecuador.  
2 Especialista en Urología. Universidad Técnica de Ambato. Ecuador.  
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Año: 2026  
Recepción: 14/09/2025  
Aprobado: 03/12/2025  
Artículo original  
evaluated the composition of the urinary microbiome, its changes in the presence of  
infection, and its clinical implications. Twenty-eight articles met the inclusion criteria. The  
studies show that the urinary tract harbors complex microbial communities, with a  
predominance of genera such as Lactobacillus, Corynebacterium, and Streptococcus in  
healthy subjects, while in patients with recurrent infections, dysbiosis, loss of protective  
species, and an increase in opportunistic bacteria such as Escherichia coli,  
Enterococcus, and Klebsiella are observed, along with reduced microbial diversity.  
Furthermore, a gut-bladder axis is described whereby the gut microbiota can act as a  
reservoir for uropathogenic strains, promoting urinary colonization and the recurrence of  
infections. The integration of next-generation sequencing techniques and expanded  
cultures improves the characterization of the urinary microbiome and allows  
differentiation between dysbiosis and active infection. In conclusion, the evidence  
supports the urinary microbiome as a key component in urinary tract infections and  
suggests new diagnostic and therapeutic strategies aimed at restoring microbial  
balance, such as the use of probiotics and other ecological approaches, although  
controlled clinical trials are still needed to validate their efficacy and define their  
application in medical practice.  
Key words: urinary microbiome, urinary tract infections, dysbiosis, probiotics, urobiome.  
Introducción  
El microbioma urinario y su relación con las infecciones del tracto urinario (ITU) ha  
experimentado una transformación de conceptos importante en los últimos años,  
desplazando principalmente la teoría de una orina estéril hacia una visión en la que el  
tracto urinario alberga su propio ecosistema de microorganismos (Seo & Kim, 2025;  
Reasoner et al, 2025). Se define al microbioma urinario como el conjunto de  
microorganismos, sus genomas y productos metabólicos localizados en la orina y las  
superficies del tracto urinario, incluyendo bacterias, hongos y virus, así como arqueas  
en menor proporción (Bradley et al, 2025; Kim & Lee, 2023). La microbiota urinaria, por  
su parte, se refiere a las familias que lo conforman, como los Firmicutes, Actinobacteria,  
Proteobacteria y Bacteroidetes (Perez-Carrasco et al, 2021). Este sistema microbiano  
endógeno ha demostrado desempeñar un papel clave en el equilibrio fisiológico local, la  
defensa antimicrobiana y la prevención de la colonización patogénica (Kim & Lee,  
2023).  
Nuevas técnicas de secuenciación genómica además de métodos de cultivo expandido  
han permitido identificar una diversidad significativa de microorganismos en la orina,  
incluso en individuos sanos y en distintas etapas de la vida (Neugent et al, 2020;  
Mancuso et al, 2023). La composición y riqueza microbiana urinaria difiere según  
género, edad, estado hormonal, intervenciones médicas y comorbilidades urológicas  
(Jones-Freeman et al, 2021).  
Las ITU que tradicionalmente fueron atribuidas a especies uropatógenas como la  
Escherichia coli o la Klebsiella pneumoniae, ahora se asocian, además a,  
transformaciones en la microbiota conocida como disbiosis, que pueden disminuir la  
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resistencia local a infecciones, incrementar la predisposición a recaídas y favorecer la  
colonización por cepas multirresistentes (Seo & Kim, 2025; Bradley et al, 2025). Por  
ejemplo, una menor abundancia de Lactobacillus crispatus y una sobreexpresión de  
Enterobacteriaceae y Proteobacteria suelen correlacionarse con mayor incidencia de  
ITU recurrentes, especialmente en mujeres y pacientes bajo manejo de catéteres  
(Perez-Carrasco et al, 2021; Mancuso et al, 2023). Mientras que otras familias como las  
firmicutes y lactobacilos actúan como factores protectores (Seo & Kim, 2025; Reasoner  
& Deresinski, 2025).  
Se ha demostrado que la diversidad bacteriana es notoriamente reducida en contextos  
de ITU sintomáticas frente a controles de pacientes sanos. Los cambios en el  
microbioma urinario pueden anticipar episodios infecciosos o incluso la aparición de  
resistencia a antibióticos (Bradley et al, 2025; Zhang et al, 2025). Estudios con  
secuenciación de nueva generación han aportado resultados innovadores sobre la  
interacción del microbioma urinario con la microbiota intestinal y vaginal, sugiriendo la  
existencia de un eje fisiopatológico e inmunológico que conecta estos ecosistemas y  
predispone a procesos infecciosos cuando se pierde la homeostasis (Choi et al, 2024;  
Jones-Freeman et al, 2021). Actualmente se sabe que, el manejo terapéutico de las ITU  
debe ir más allá de la erradicación microbiológica tradicional, explorando alternativas  
que restablezcan el equilibrio bacteriano y promuevan la restitución de cepas  
protectoras (Seo & Kim, 2025; Mancuso et al, 2023; Bradley et al, 2025). Se considera  
relevante la búsqueda de estrategias diagnósticas y terapéuticas que incluyan el  
análisis del microbioma urinario, el empleo de probióticos, agentes ecológicos y  
técnicas de medicina personalizada orientadas a modular la biodiversidad microbiana  
(Neugent et al, 2020; Reasoner et al, 2025).  
Por tanto, el objetivo principal de esta investigación es analizar la evidencia bibliográfica  
disponible para determinar la relación entre el microbioma urinario y las infecciones  
repetitivas del tracto urinario, con el fin de proponer nuevos enfoques terapéuticos en el  
campo. Se describirá con precisión la composición del microbioma urinario,  
identificando los principales géneros y especies microbianos presentes en sujetos  
sanos y en quienes presentan infecciones recurrentes. Así mismo, se plantea conocer  
los posibles mecanismos fisiopatológicos mediante los cuales el microbioma urinario  
actúa como factor protector del sistema urinario, considerando cómo su desequilibrio  
puede predisponer o facilitar la instauración y recurrencia de procesos infecciosos.  
Materiales y métodos  
Se trata de una revisión sistemática de carácter cualitativa.  
Para la recolección de información se utilizó una técnica documental mediante una  
revisión bibliográfica de artículos y publicaciones de carácter científico, sobre el  
microbioma urinario y su relación en las infecciones del tracto urinario. Se empleó una  
metodología detallada que garantiza la exhaustividad y la relevancia de la investigación.  
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Criterios de elegibilidad  
Se incluyeron artículos científicos que brindaron resultados respecto al microbioma  
urinario y su relación en las infecciones del tracto urinario. Se consideraron estudios en  
inglés y español de los últimos 6 años. Se excluyeron los estudios que no brindaron  
resultados con el suficiente soporte científico o que no fueron concluyentes, al igual que  
comentarios científicos, cartas al editor o cartas de opinión científica.  
Estrategias de búsqueda  
Se llevó a cabo una búsqueda electrónica sistemática de artículos publicados desde  
enero del 2020 hasta octubre 2025 en las bases de datos PubMed, Scopus, Web of  
Science, además, se emplearon otros filtros para limitar los resultados a artículos  
originales, revisiones sistemáticas, metaanálisis y estudios experimentales en idiomas  
inglés, español, francés, italiano y portugués, con texto completo disponible. Se ha  
priorizando estudios con enfoque humano y relevancia clínica.  
Se realizó la estrategia de búsqueda utilizando los descriptores MeSH (Medical Subject  
Headings) y términos equivalentes en inglés y español, con el propósito de garantizar  
una recuperación amplia y precisa de la literatura científica: “Urinary Microbiota”,  
“Urinary Microbiome”, “Urobiome”, “Urinary Tract Infections”, “Recurrent Urinary Tract  
Infections”, “Dysbiosis”, “Gut-Urinary Axis” y “Bacterial Communities”. Asimismo, se  
incluyeron los términos en español “microbiota urinaria”, “infecciones del tracto urinario”,  
y “disbiosis” para ampliar la búsqueda en bases de datos científicos. Se aplicaron  
operadores booleanos combinando los conceptos clave de la siguiente manera:  
(“Urinary Microbiota” OR “Urinary Microbiome” OR “Urobiome”) AND (“Urinary Tract  
Infection” OR “Recurrent Urinary Tract Infection”) AND (“Dysbiosis” OR “Microbial  
Diversity”).  
Selección de estudios  
Se eligieron artículos científicos como artículos originales, revisiones sistemáticas,  
metaanálisis y estudios experimentales, los cuales proporcionan el cociente de riesgo  
instantáneo (HR), intervalo de confianza (IC) y nivel de significancia (p) del microbioma  
urinario y su relación en las infecciones del tracto urinario.  
Extracción y síntesis de resultados  
Se realizó mediante el uso de un formulario que incluye: autores, año de publicación,  
diseño metodológico, resultados. Se incluyeron finalmente 28 artículos para la  
estructuración de esta investigación.  
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Figura 1.  
Diagrama de flujo de selección de los estudios PRISMA  
Registros identificados a través de  
la búsqueda en las bases de datos  
PubMed: 178, Scopus:276 , Web of  
Science: 186  
Artículos  
duplicados  
(n= 67)  
(n=640)  
Aplicación los criterios de  
inclusión y exclusión se  
seleccionaron  
Artículos  
excluidos  
(n=481)  
(n=573)  
Artículos evaluados para su  
selección a través de la  
lectura del  
Artículos  
excluidos  
(n=64)  
texto completo  
(n=92)  
Artículos incluidos en  
la síntesis cualitativa  
(n=28)  
Fuente: Elaboración propia.  
Resultados  
El tradicional paradigma de que la orina es un ambiente estéril ha sido transformado  
radicalmente gracias a los avances en las tecnologías de secuenciación genética (NGS)  
y los cultivos cuantitativos ampliados, los cuales han confirmado la existencia de un  
“microbioma urinario” también conocido como urobioma el cual es dinámico, específico  
y fundamental para la salud del tracto urinario (Kim & Lee, 2023; Reasoner et al, 2025).  
El microbioma urinario, definido como el conjunto de microorganismos y sus genomas  
presentes en la orina y el tracto urinario, incluye bacterias, hongos, virus y arqueas, los  
cuales tienen un equilibrio aún poco entendido e insistentemente estudiado (Zhang et  
al, 2025; Saenz et al, 2025).  
La composición del microbioma urinario está determinada por factores individuales  
como la edad, el sexo, la anatomía urogenital, el estado hormonal y las intervenciones  
médicas, lo que influye notablemente en los géneros bacterianos predominantes en  
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cada grupo poblacional (Reasoner et al, 2025). En mujeres en edad reproductiva  
predomina el género Lactobacillus, reconocido por su papel en la estabilidad y defensa  
local mediante la producción de metabolitos antimicrobianos y modulación inmunitaria.  
En contraste, Corynebacterium y Streptococcus son más frecuentes en hombres y  
personas mayores, también contribuyendo a la protección del microambiente urinario  
(Perez-Carrasco et al, 2021; Reasoner et al, 2025).  
El desequilibrio o disbiosis de estas especies comensales favorece la aparición de ITU  
y aumenta la susceptibilidad a la colonización por patógenos multirresistentes (Bradley  
et al, 2025; Choi et al, 2024). Así, pacientes con infecciones urinarias recurrentes  
suelen mostrar una disminución de especies protectoras y un aumento de  
microorganismos oportunistas como Escherichia coli, Enterococcus y Klebsiella, cuyo  
predominio se asocia con mayor riesgo de ITU y recurrencia (Bradley et al, 2025; Zhang  
et al, 2025).  
Las ITU no se producen únicamente por la invasión directa de bacterias uropatógenas,  
sino también por el deterioro de las comunidades microbianas del urobioma y el  
impacto de factores de riesgo como el uso repetido de antibióticos, la cateterización, la  
edad avanzada y la inmunosupresión (Kim & Lee, 2023; Zhang et al, 2025; Choi et al,  
2024). Estudios metagenómicos han demostrado que el equilibrio entre las familias de  
los Firmicutes, Proteobacterias, Actinobacterias y Bacteroidetes es determinante en la  
prevención y evolución de las ITU, donde una alta diversidad alfa y la presencia de  
especies comensales constituyen una barrera natural contra infecciones (Mancuso et al,  
2023; Choi et al, 2024).  
Desde la perspectiva epidemiológica global, las ITU constituyen una de las infecciones  
bacterianas más frecuentes del mundo, estudios indican que entre 1990 y 2019 el  
número absoluto de casos aumentó en un 60,4 %, alcanzando aproximadamente 404,6  
millones de nuevos casos en 2019, aunque la tasa de incidencia ajustada por edad  
(ASIR) se ha mantenido relativamente estable (50 por cada 1.000 personas/año) (Yang  
et al, 2022). Un análisis más reciente estimó un incremento del 66,45% en los casos de  
ITU entre 1990 y 2021 llegando a 4.490 millones de casos en ese año, con una ASIR  
global de 5.531,88 por cada 100.000 habitantes (He et al, 2025). Se observa que las  
mujeres tienen una tasa de incidencia aproximadamente cuatro veces mayor que los  
hombres, y que las regiones de América Latina tropical presentan de las más elevadas  
tasas a nivel mundial (He et al, 2025).  
En Latinoamérica, estudios recientes apuntan a una prevalencia especialmente alta de  
ITU en poblaciones vulnerables como mujeres embarazadas y adultos mayores; lo que  
evidencia que ciertos factores sociodemográficos como el acceso a servicios básicos y  
de salud juegan un papel importante en las resistencias antimicrobianas (de Souza et  
al, 2023). A nivel de Ecuador, aunque los datos nacionales específicos sobre el  
urobioma son escasos, estudios locales han demostrado una elevada incidencia de ITU  
comunitarias con dificultades de identificación microbiológica tradicional y creciente  
resistencia antibiótica; un estudio con mujeres indígenas de Otavalo documentó una  
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tasa de discrepancia entre identificación bioquímica y molecular de Enterobacterales en  
>ꢀ30 % de los aislamientos, lo que evidencia la necesidad de incorporar técnicas  
moleculares en la vigilancia local (Bastidas-Caldes et al, 2024). Estas cifras reflejan una  
carga considerable de ITU en el país y subrayan la relevancia de investigar la  
microbiota urinaria localmente.  
El microbioma urinario sano cumple una función esencial como barrera competitiva  
frente a la colonización por patógenos y contribuye a la protección inmunológica del  
tracto urinario mediante la producción de metabolitos antimicrobianos, principalmente  
ácido láctico y peróxido de hidrógeno, generados por especies de Lactobacillus (Kim &  
Lee, 2023; Seo & Kim, 2025; Pastuszka et al, 2025; Corrales-Acosta et al, 2025). Estos  
compuestos mantienen un pH ácido, inhiben la proliferación de bacterias infecciosas y  
favorecen la estabilidad microbiana. Destacan en particular cepas como Lactobacillus  
crispatus y L. iners, que compiten eficazmente por adhesión y nutrientes, dificultando la  
implantación y el crecimiento de microorganismos patógenos (Ravel et al, 2011;  
Corrales-Acosta et al, 2025).  
La reducción significativa de Lactobacillus, especialmente en mujeres post-  
menopáusicas o pacientes con vejiga neurogénica, se asocia a una mayor incidencia de  
infecciones urinarias recurrentes por especies como Gardnerella vaginalis y familias  
multirresistentes de Enterobacteriaceae (Zhang et al, 2025; Bradley et al, 2025; Carnes  
et al, 2023). Además de la exclusión competitiva, el microbioma urinario regula la  
respuesta inmune local a través de la modulación de células dendríticas, linfocitos y  
citocinas antiinflamatorias, lo que limita la inflamación excesiva y facilita la eliminación  
de patógenos (Bradley et al, 2025; Reasoner et al, 2025). La elevada diversidad alfa  
fortalece la resiliencia del ecosistema urinario ante factores perturbadores como  
antibióticos o procedimientos invasivos, disminuyendo el riesgo de disbiosis y la  
recurrencia de infecciones (Choi et al, 2024; Mancuso et al, 2023).  
Estos mecanismos integrados sustentan el papel protector fisiológico del microbioma  
urinario y su importancia en la prevención de infecciones recurrentes. Asimismo, se ha  
descrito que ciertos géneros como Streptococcus, Enterococcus y Staphylococcus  
pueden desempeñar roles duales, actuando como comensales y como patógenos  
oportunistas, especialmente en pacientes con alteraciones estructurales o con  
compromiso inmunológico (Choi et al, 2024; Reasoner et al, 2025).  
Uno de los descubrimientos más relevantes de la última década es la identificación del  
eje “intestino-vesical”. Diversos estudios han demostrado la coincidencia clonal entre  
cepas intestinales y uropatógenas de Escherichia coli, lo que respalda la hipótesis de  
tránsito y colonización cruzada entre distintos reservorios microbianos, principalmente  
el intestino, la zona perineal, la región vaginal y la uretra (Choi et al, 2024; Naji et al,  
2024). Estos mecanismos constituyen procesos centrales en la patogénesis de las  
infecciones del tracto urinario. La evidencia metagenómica y genómica indica que  
muchas cepas uropatógenas derivan de la microbiota intestinal, iniciando su  
colonización en este sitio y desplazándose posteriormente hacia la región perineal y  
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uretral, lo que explica la recurrencia de episodios de bacteriuria y cistitis, especialmente  
en mujeres (Magruder et al, 2020; Worby et al, 2022).  
La transferencia cruzada se ve favorecida por factores que comprometen las barreras  
microbianas locales, como la disbiosis vaginal, prácticas higiénicas inadecuadas, uso  
prolongado de antibióticos y condiciones predisponentes —entre ellas el cateterismo o  
la incontinencia—, que facilitan la persistencia y ascenso de patógenos desde la  
microbiota intestinal o perineal hacia la vejiga (Salazar et al, 2022; Choi et al, 2023). El  
tránsito bacteriano no representa únicamente un fenómeno físico, sino también un  
proceso biológico que propicia la interacción entre las comunidades microbianas y el  
huésped, afectando la eliminación de metabolitos intestinales, reduciendo la producción  
de ácidos grasos de cadena corta y modulando las respuestas inmunitarias. Estas  
alteraciones pueden generar un entorno propicio para la colonización urinaria,  
perpetuando ciclos de infección y recurrencia.  
Estudios recientes han documentado la presencia de reservorios intracelulares y  
biopelículas en el epitelio vesical que actúan como fuentes de reinfección endógena.  
Desde la perspectiva genómica, se ha confirmado la identidad entre aislamientos  
intestinales y urinarios en múltiples casos, lo que resalta la necesidad de abordar la  
ecología microbiana sistémica —y no únicamente los patógenos aislados— al  
desarrollar estrategias preventivas y terapéuticas (Worby et al, 2022; Miller et al, 2024).  
Respecto al diagnóstico y manejo, se ha comprobado que el análisis del microbioma  
urinario mediante NGS y cultivos ampliados permite diferenciar mejor la disbiosis de la  
infección activa, distinguir bacteriuria asintomática de ITU sintomática e identificar  
microorganismos previamente no detectados en cultivos estándar (Kim & Lee, 2023;  
Bradley et al, 2025; Reasoner et al, 2025). Este enfoque resulta particularmente útil en  
casos de infecciones recurrentes, pacientes con catéteres crónicos y situaciones de  
multirresistencia bacteriana (Zhang et al, 2025; Seo & Kim, 2025).  
Las propuestas terapéuticas innovadoras para el manejo de las ITU se centran en  
restablecer el equilibrio y la diversidad del microbioma urinario mediante la  
administración de probióticos de cepas específicas de Lactobacillus por vía oral, vaginal  
o instilación vesical, así como el uso de bacteriófagos, péptidos antimicrobianos y el  
trasplante de microbiota fecal en casos seleccionados (Mancuso et al, 2023; Saenz et  
al, 2025; Zhang et al, 2025; Seo & Kim, 2025). La evidencia actual destaca que estos  
tratamientos favorecen la recuperación de cepas protectoras y reducen la recurrencia  
de ITU, aunque los resultados son aún heterogéneos y requieren mayor validación a  
través de ensayos clínicos controlados.  
El reconocimiento del microbioma urinario como ecosistema regulador abre la puerta a  
nuevas estrategias diagnósticas y terapéuticas, permitiendo gracias a las tecnologías  
de secuenciación de nueva generación una caracterización precisa de la disbiosis y una  
monitorización personalizada de la respuesta terapéutica (Kim & Lee, 2023; Choi et al,  
2024). Por ello, la integración de enfoques basados en la ecología microbiana y  
medicina personalizada contribuye a restaurar la diversidad bacteriana y fortalecer las  
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bacterias beneficiosas, posicionándose como el futuro en la prevención y tratamiento de  
ITUs, y proporcionando soluciones frente a la resistencia antimicrobiana y la recurrencia  
infecciosa (Kim & Lee, 2023; Mancuso et al, 2023; Seo & Kim, 2025; Saenz et al, 2025;  
Bradley et al, 2025).  
Discusión  
El concepto de microbioma urinario ha generado una transformación significativa en el  
abordaje científico sobre las ITU. Los avances en las tecnologías de secuenciación  
genética y cultivos ampliados han permitido descartar el paradigma de la orina estéril,  
evidenciando un ecosistema complejo, dinámico y específico cuya composición está  
determinada por factores individuales tales como edad, sexo, estado hormonal y  
variables anatómicas o clínicas (Reasoner et al, 2025; Perez-Carrasco et al, 2021).  
Autores como Kim & Lee (2023) y Reasoner et al (2025) describen a los géneros como  
Lactobacillus y su predominio en mujeres en edad reproductiva, mientras  
Corynebacterium y Streptococcus son frecuentes en varones y adultos mayores,  
confirmando la influencia de determinantes fisiológicos. La protección frente a ITU ha  
sido atribuida a la presencia de estas especies, cuya disminución favorece la disbiosis y  
la sobreabundancia de microorganismos oportunistas como Escherichia coli,  
Enterococcus y Klebsiella, asociados recurrentemente a mayor riesgo de infección  
(Bradley et al, 2025; Zhang et al, 2025).  
Otras investigaciones, como los de Mancuso et al (2023) y Choi et al (2024), refuerzan  
la importancia de la diversidad bacteriana alfa, señalando que el equilibrio entre familias  
de Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria y Bacteroidetes tiene un papel central  
como barrera biológica contra la colonización patógena. Diversos meta-análisis y  
estudios cuantitativos evidencian que en sujetos sanos predominan Firmicutes y  
Lactobacillus, mientras que en situaciones de ITU hay un desplazamiento hacia familias  
patógenas, fenómeno ratificado por Weng et al (2023). Sin embargo, la etiología no es  
exclusivamente atribuible a la presencia directa de bacterias uropatógenas; factores  
como el uso repetido de antibióticos, edad avanzada, inmunosupresión y  
procedimientos médicos invasivos han demostrado incidir directamente en la pérdida de  
biodiversidad del urobioma y, por ende, aumentan la susceptibilidad a infecciones  
recurrentes (Kim & Lee, 2023; Zhang et al, 2025; Choi et al, 2024).  
La literatura evidencia una heterogeneidad en los criterios diagnósticos y metodológicos  
relativos a la interpretación microbiológica. Ejemplo de esto es el estudio de Flores-  
Oropeza et al (2024), quien cuestiona la validez de tomar la presencia de E. coli como  
único predictor clínico, esto debido a que en las muestras analizadas en su estudio no  
se encontró asociación significativa con sintomatología urinaria. Balaouras et al (2024)  
profundizan en el debate al demostrar que géneros como Gardnerella y Streptococcus  
se detectan en mujeres sintomáticas y asintomáticas, sugiriendo la necesidad de  
considerar la respuesta inmune y el contexto clínico en la interpretación de resultados  
microbiológicos.  
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Diversos estudios recientes han destacado la conexión entre el microbioma  
gastrointestinal y el sistema urinario, mostrando que existe un intercambio y migración  
de bacterias entre ambos ecosistemas, fenómeno de particular relevancia en las  
mujeres debido a la proximidad anatómica y las características de la flora.  
Investigaciones como las de Jones-Freeman et al (2021), Naji et al (2024) y Magruder  
et al (2020) han demostrado que cepas patógenas presentes en el intestino pueden  
trasladarse y colonizar la vejiga, explicando por qué algunas infecciones urinarias son  
recurrentes y difíciles de erradicar pese al tratamiento adecuado. El tránsito clonal y la  
colonización cruzada desde el reservorio intestinal hacia la vía urinaria, así como la  
transferencia de genes y factores de virulencia, permiten que bacterias como  
Escherichia coli se establezcan repetidamente y generen cuadros de bacteriuria y  
cistitis.  
Los aportes de estudios genómicos y experimentales en animales, como los realizados  
por Guo et al (2025), han evidenciado que la manipulación y desequilibrio del  
microbioma local aumenta la susceptibilidad a infecciones urinarias. En estos modelos,  
la reducción de bacterias protectoras como Lactobacillus facilita la colonización por  
patógenos, mientras que alteraciones genéticas en factores de adhesión como la  
proteína FimH potencian la capacidad de invasión bacteriana. Así, la interacción entre  
comunidades microbianas y la presencia de factores de virulencia se reconoce como  
determinante en la patogénesis y recurrencia de las infecciones urinarias (Jones-  
Freeman et al, 2021; Naji et al, 2024; Magruder et al, 2020; Guo et al, 2025).  
Frente a esto, existe una línea escéptica en las investigaciones que destacan la  
necesidad de estandarizar métodos de recolección, procesamiento y análisis  
microbiológico, señalando que la asociación entre disbiosis y predominancia de  
patógenos no necesariamente implica causalidad directa. Weng et al (2023) y Zhang et  
al (2025) coinciden en la importancia de estudios funcionales, longitudinales y  
multivariables para discernir el verdadero impacto del microbioma urinario en la  
etiología de las ITU, enfatizando las limitaciones metodológicas y la heterogeneidad de  
los resultados actuales.  
Finalmente, la evidencia acumulada sustenta que la preservación y restauración del  
equilibrio bacteriano en el sistema urinario mediante el uso de probióticos, agentes  
ecológicos y medicina personalizada representa una ruta terapéutica de futuro ante el  
reto de la resistencia antimicrobiana. De acuerdo con Mancuso et al (2023), Saenz et al  
(2025) y Seo & Kim (2025), estos enfoques requieren validación a través de ensayos  
clínicos controlados y estudios comparativos que integren datos microbiológicos,  
metabólicos e inmunológicos, permitiendo en última instancia una medicina más  
efectiva y ajustada a la fisiología microbiana de cada paciente.  
Conclusiones  
El microbioma urinario se reconoce como un componente activo en la fisiología del  
tracto urinario, mostrando diferencias marcadas en su composición entre individuos  
sanos y aquellos con infecciones urinarias recurrentes. En sujetos sanos, géneros como  
Página 83  
Microbioma urinario y su relación en las infecciones del tracto urinario  
Iván Andrés Lindo-Barrozo  
Andrea Catalina Parra Rosero  
Volumen: 18  
Número: 1  
Año: 2026  
Recepción: 14/09/2025  
Aprobado: 03/12/2025  
Artículo original  
Lactobacillus, Corynebacterium y Streptococcus predominan y contribuyen a la  
estabilidad del microambiente urinario mediante la producción de metabolitos  
antimicrobianos y la modulación inmunitaria, mientras que en pacientes con infecciones  
recurrentes se observa una pérdida de estas especies protectoras y un aumento de  
microorganismos oportunistas como Escherichia coli, Enterococcus y Klebsiella. Estas  
alteraciones en la composición microbiana configuran un factor predisponente  
fundamental para la enfermedad.  
Los mecanismos fisiopatológicos demuestran que un microbioma equilibrado funciona  
como barrera natural, compitiendo eficazmente con los patógenos por nutrientes y sitios  
de adhesión, además de regular mediadores inflamatorios locales. En circunstancias de  
disbiosis, ya sea por uso de antibióticos, cambios hormonales o factores anatómicos,  
esta protección se debilita, favoreciendo la colonización persistente y la formación de  
biopelículas responsables de recurrencias infecciosas.  
En línea con la evidencia reciente, cobran protagonismo los enfoques terapéuticos  
dirigidos a restablecer el equilibrio y la diversidad microbiana urinaria. Estrategias como  
la administración de probióticos específicos (por vía oral, vaginal o vesical), el empleo  
de bacteriófagos, péptidos antimicrobianos y el trasplante de microbiota fecal muestran  
resultados prometedores para reducir la recurrencia y restaurar cepas protectoras. Así,  
la integración de terapias basadas en la modulación de la microbiota urinaria y la  
medicina personalizada se consolida como un eje fundamental para la prevención y  
tratamiento de infecciones urinarias recurrentes, exigiendo mayor investigación clínica  
para su validación y una aplicación adaptada a la ecología microbiana individual (Kim &  
Lee, 2023; Mancuso et al, 2023; Saenz et al, 2025; Bradley et al, 2025; Seo & Kim,  
2025).  
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Microbioma urinario y su relación en las infecciones del tracto urinario  
Iván Andrés Lindo-Barrozo  
Andrea Catalina Parra Rosero  
Volumen: 18  
Número: 1  
Año: 2026  
Recepción: 14/09/2025  
Aprobado: 03/12/2025  
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Microbioma urinario y su relación en las infecciones del tracto urinario  
Iván Andrés Lindo-Barrozo  
Andrea Catalina Parra Rosero  
Volumen: 18  
Número: 1  
Año: 2026  
Recepción: 14/09/2025  
Aprobado: 03/12/2025  
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Microbioma urinario y su relación en las infecciones del tracto urinario  
Iván Andrés Lindo-Barrozo  
Andrea Catalina Parra Rosero  
Volumen: 18  
Número: 1  
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Recepción: 14/09/2025  
Aprobado: 03/12/2025  
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Conflicto de intereses: Los autores declaran no tener conflictos de intereses.  
Contribución de los autores: Los autores participaron en la búsqueda y análisis de la información para el artículo, así  
como en su diseño y redacción.  
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